Μεγάλο κεφάλαιο αποτελούν και οι μουσικές που συνέθεσε για σπουδαίες ταινίες του ελληνικού και του διεθνούς κινηματογράφου. Αναφέρουμε ενδεικτικά την «Κάλπικη Λίρα» (Γ. Τζαβέλλα 1954), τη «Στέλλα» (Μ. Κακογιάννη, 1955), το «Δράκο» (Ν. Κούνδουρου, 1956), το «America-America» (Ελ. Καζάν, 1962), «Sweet Movie» (Ντ. Μακαβέγιεφ, 1974), κ.ά.
Το 1960 κερδίζει το βραβείο Όσκαρ για το τραγούδι «Τα παιδιά του Πειραιά» από την ταινία του Ζιλ Ντασέν «Ποτέ την Κυριακή», τραγούδι το οποίο θα συμπεριληφθεί στα δέκα εμπορικότερα του 20ού αιώνα.
Ωστόσο, η μουσική του για τον ελληνικό κινηματογράφο και μια σειρά ελαφρών τραγουδιών τού χαρίζει μια «λαϊκότητα ανεπιθύμητη», την οποία δεν θα αποδεχθεί ποτέ και θα τη μάχεται μέχρι το τέλος της ζωής του.
Πνεύμα ανήσυχο, ο Μ. Χατζιδάκις χρηματοδοτεί το Διαγωνισμό Πρωτοποριακής Σύνθεσης «Μάνος Χατζιδάκις» του Τεχνολογικού Ινστιτούτου Δοξιάδη. Το βραβείο απονέμεται στον Ιάννη Ξενάκη, άγνωστο τότε στο ελληνικό κοινό.
Το 1966 ο Μάνος Χατζιδάκις πηγαίνει στις ΗΠΑ, όπου ανεβάζει στο Μπρόντγουεϊ με τον Ζιλ Ντασέν και τη Μελίνα Μερκούρη τη θεατρική διασκευή του «Ποτέ την Κυριακή» με τον τίτλο «Illya Darling». Στην Αμερική θα παραμείνει μέχρι το 1972 και η μουσική του αντίληψη θα επηρεαστεί σημαντικά από την pop music. Αποτέλεσμα αυτής της επίδρασης είναι ο κύκλος τραγουδιών «Reflections» με το συγκρότημα New York Rock and Roll Ensemble.
Τo 1972, τον πιο σκοτεινό χρόνο της χούντας, επιστρέφει στην Αθήνα και ιδρύει το μουσικό καφεθέατρο «Πολύτροπο», μέσα από το οποίο επιχειρεί να ανοίξει εκφραστικές διόδους στο μουσικό τέλμα της εποχής.
Η γέννηση του «Τρίτου»
Το 1975 αρχίζει η χρυσή εποχή του «Τρίτου». Γίνεται διευθυντής του κρατικού ραδιοσταθμού «Τρίτο Πρόγραμμα» (1975-81) τον οποίο, σε συνεργασία με μια ομάδα νέων και ταλαντούχων δημιουργών, γίνεται σημείο αναφοράς.
Το 1989-93 ιδρύει την «Ορχήστρα των Χρωμάτων», για να παρουσιάσει «πρωτότυπα προγράμματα που συνήθως δεν καλύπτονται από τις συμβατικές συμφωνικές ορχήστρες», την οποία διηύθυνε μέχρι το τέλος της ζωής του. Η Ορχήστρα των Χρωμάτων με μαέστρο τον Χατζιδάκι έδωσε 20 συναυλίες και 12 ρεσιτάλ ελληνικού και διεθνούς ρεπερτορίου με Έλληνες και ξένους σολίστ.
Στη διάρκεια όλων αυτών των χρόνων ο Μάνος Χατζιδάκις ήταν διαρκώς παρών στην ελληνική δισκογραφία, με δεκάδες δίσκους που θεωρούνται πια κλασικοί: Ο Κύκλος με την Κιμωλία (1956), Παραμύθι χωρίς Όνομα (1959), Πασχαλιές μέσα απ’ τη νεκρή γη (1961), Δεκαπέντε Εσπερινοί (1964), Μυθολογία (1965), Καπετάν Μιχάλης (1966), Τα Λειτουργικά (1971), Αθανασία (1975), Τα Παράλογα (1976), Σκοτεινή Μητέρα (1985), Τα Τραγούδια της Αμαρτίας (1992) κ.ά.
Μοναδικός, ιδιοφυής και αεικίνητος, ο Μάνος Χατζιδάκις «έφυγε» από κοντά μας στις 15 Ιουνίου 1994.